Středoškolská studia započal v roce 1884 na reálce v Telči a dokončil na gymnáziu v Jindřichově Hradci (1892). Na kněze byl vysvěcen v roce 1897 v Brně a ještě téhož roku vstoupil do jezuitského řádu. Další studia vykonal na jezuitských ústavech v Bratislavě a Innsbrucku.

V prosinci 1919, kdy byla zřízena československá jezuitská viceprovincie byl jmenován jejím viceprovinciálem. I v dalších letech pak zastával v řádu významné funkce a působil jako pedagog na jezuitských učilištích.
V roce 1950 jej neminula internace. O rok později se dostal do Domova pro staré kněze v Moravci, kde v roce 1968 zemřel.
Literární pozůstalost P. Škarka je mimořádně bohatá. Přispíval do řady katolických časopisů a samozřejmě do Zpráv české provincie TJ. Dodnes je ceněná jeho obsáhlá příručka pro mariánské družiny „Pod praporem Královny Nebes“ (1908), která se dočkala devíti vydání. Dále napsal „Život svatého Aloise z Gonzagy“ (1927), přeložil z latiny rozsáhlý výbor z myšlenek zakladatele jezuitů „Jiskry svatého Ignáce“ (1939/40), které pak vyšly ještě v letech 1945 a 1947.
Ani v internaci na Moravci nezůstal nečinný. V omezených podmínkách zde napsal životopisy několika světců, které pochopitelně nemohly vyjít tiskem a byl šířeny v opisech. Na vydání také čeká osm svazků jeho homiletických spisů (kázání, promluvy).

V prosinci 2010 vydalo nakladetelství Refugium jím zpracovaný životopis jezuitského světce Josefa Pignateliho Co bylo po zrušení Tovaryšstva Ježíšova.